成熟的血吸虫卵在人畜体内是不能孵化的。随粪便排出体外的虫卵必需入水始能孵化成毛蚴。毛蚴的孵出与渗透压、温度和光照等条件有关，其中水的渗透压被认为是孵化的主要条件。在清水中（渗透压接近12mOsM）毛蚴的孵化率为100%，盐浓度达1.2%时孵化完全被抑制。温度和光照对孵化过程起促进作用。日本血吸虫毛蚴在温度低于10摄氏度或高于37摄氏度时，孵化被抑制，黑暗也可抑制日本血吸虫毛蚴的孵化。孵化的最适pH为7.5-7.8,自来水中余氯含量大于0.3ppm时也可影响毛蚴的孵化。